Schlegel sinh ra tại Altenburg, con trai của một người lính đồng. Cha ông đã thu thập những con bướm, kích thích sự quan tâm của Schlegel trong lịch sử tự nhiên. Sự phát hiện ra, tình cờ, về một tổ chim voọc đã đưa anh đến nghiên cứu về các loài chim và một cuộc gặp với Christian Ludwig Brehm.Schlegel bắt đầu làm việc cho cha mình, nhưng sớm mệt mỏi với nó. Ông đi du lịch đến Vienna vào năm 1824, tại đó, tại trường đại học, ông đã tham dự các bài giảng của Leopold Fitzinger và Johann Jacob Heckel. Một lá thư giới thiệu từ Brehm cho Joseph Natterer đã giúp anh có được một vị trí tại Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên.